呼和浩特市疾病预防控制中心（简称呼市疾控中心）2003年由市编委批准成立，由原呼和浩特市卫生防疫站和呼和浩特市职业病防治研究所合并组建而成，属于公益一类事业单位。
主要负责呼市地区疾病预防与控制、突发公共卫生事件应急处置、疫情及健康相关因素信息管理、健康危害因素监测与控制（包括食品风险监测、饮用水卫生监测、公共场所卫生监测、职业健康危害因素监测与评价）、实验室检测分析与评价、健康教育与健康促进、技术指导与应用研究等。
中心现有在职职工238人,其中专业技术人员202名。高级职称专业技术人员79人，其中，博士2人，硕士40人。
中心于2005年搬迁到呼和浩特市金桥开发区的疾病预防控制中心大楼。疾控大楼占地2.12万平方米，建筑面积1.6万平方米。
中心共有各类实验室41个，Ⅱ级生物安全实验室8个，其中2个为PⅡ+微负压实验室，并设有艾滋病确证实验室、全国流感监测网络实验室，2018年成为自治区首批国家致病菌识别网（PulseNet China）网络实验室内蒙古区域中心实验室所属的网络实验室成员，标志着我中心在细菌性传染病监测预警与溯源工作方面又上了一个新台阶。
呼市疾控中心拥有大中型仪器设备391台（件），中心通过自治区质量技术监督局检验检测机构资质认定计量认证的检验项目672项，设备条件及检测能力达到了国家对地市级疾控中心的装备标准和检测能力要求。2016年6月通过国家认证认可监督管理委员会、国家食品药品监督管理总局、国家卫生和计划生育委员会、农业部组织的第三批食品复检机构审核，进入了第三批食品复检机构名录（全国共批准56家机构）。
中心始终把传染病防治作为疾病控制工作的重点，近年全市传染病发病稳中有降，没有因防控措施不力导致的甲、乙类传染病暴发流行。艾滋病疫情保持了低发流行状态。免疫规划疫苗针对疾病得到有效控制，全市常规疫苗累计报告接种率到达了99%以上，在全市建立免疫规划信息管理系统，建设了规范化预防接种门诊。创建了8个自治区级慢性病综合防控示范区。病媒生物的密度和消长情况调查和抗药性调查为我市创建国家卫生城提供了技术支撑。在全区盟市疾控中心率先开展了公共场所集中空调系统卫生学监测评价工作。开展了学生常见病、传染病督导、儿童青少近视调查工作、学生心理健康知识知晓率调查，建设了“学生健康监测信息系统”。职业卫生和放射防护技术服务工作为职业病危害预防控制发挥了积极作用。
中心近年来积极开展各项科研活动，承担的呼和浩特市艾滋病感染现状的研究获得2010年呼市科技进步二等奖，流行性出血热病毒基因型别的研究获得2010年呼市科技进步三等奖，2012年蔬菜中农残项目获呼市科技进步三等奖，食品安全检测服务平台建设与应用项目获得2012年度内蒙古医学会科学技术三等奖，2016年呼市科技进步二等奖。科研活动的开展，提高了我市疾病防控工作的科技含量。
